溧阳市审计局设8个职能科室。

　　（一）办公室
　　组织有关重要会议；起草和审核有关文件、报告及管理制度；管理审计经费和固定资产；负责机关文电处理、审计宣传、审计信息、保密、车辆管理、接待、安全保卫、生活后勤保障等工作。

　　（二）法制综合审计科
　　参与财经法规研究，草拟地方性审计制度，收集和整理财经法规，组织实施审计普法教育；负责审计复核，办理审计听证、审计复议和行政诉讼事项；检查审计执法情况，监督社会审计组织的审计业务质量。编制全局审计工作计划，划分审计范围，协调审计业务事项，检查计划执行情况；负责全市审计调研、分析审计成果，建立审计对象和审计成果台账；负责审计统计、档案管理、审计业务质量管理和审计业务综合考核工作。

　　（三）财政金融审计科
　　拟定本市预算执行情况的审计总体方案，汇总审计结果；负责审计市财政局组织预算执行情况、市金库办理预算资金的收纳拨付情况；负责审计镇人民政府预算执行情况和决算；负责审计市财政局及其所属单位的财政财务收支情况；负责审计市属金融机构及所属企事业单位的资产、负债、损益情况；开展经济责任审计；协助开展经济案件审计；根据审计署的安排组织审计在溧阳的金融机构的资产、负债、损益情况；开展财政金融专项审计及审计调查。

　　（四）行政事业审计科
　　负责审计与市财政有拨缴款关系的市人大机关、市政协机关、市级司法机关、政党组织、社会团体的财政财务收支；负责审计公安、交通、教育、卫生、农林、水利等部门及其所属企事业单位的财政财务收支；开展经济责任审计；协助开展经济案件审计；根据省审计厅的安排，开展对市工商、质量技术监督等部门财政财务收支进行审计；组织行政事业专项审计和审计调查。负责审计社会保障资金及各类彩票资金的筹集、管理、使用情况，开展对人事、劳动、民政、体育等部门的财政财务收支审计；根据上级审计机关的安排开展对邮电、邮政等部门的审计工作。

　　（五）计算机审计科
　　负责并指导被审计单位的会计电算化软件审计；负责全市审计机关计算机辅助审计系统、审计管理系统、办公自动化系统的规划与管理；组织全市审计机关计算机审计软件的培训、推广和运用；承担市审计机关计算机审计方面的其它工作。

　　（六）固定资产投资审计科
　　负责管理、协调、监督国家建设项目的审计业务；负责审计市政府有关部门（城建、城管、规划）及其所属企事业单位的财政财务收支；对市属施工企业和房地产开发企业的资产、负债和损益情况进行审计监督；组织固定资产投资专项审计和审计调查；开展经济责任审计；协助开展经济案件审计。

　　（七）经济责任、外资审计科
　　负责并协调党政领导干部和企业领导人员的任期经济责任审计工作；指导全市党政领导干部、企业领导人员任期经济责任审计和经济案件审计业务；负责并协调市委、市政府交办的经济案件审计工作；负责对本市中外合资、合作企业及经济开发区、天目湖旅游度假区、外贸、旅游、供电等部门的审计。

　　（八）内部审计、监察科
　　负责对全市内部审计工作进行指导、监督；协助开展经济责任和经济案件审计；负责对本局审计人员执法行为的监察、督查工作。