一是生态补偿按月结算。昔日“一年到头再算账”，如今月月都有真罚赏。省环保厅依据《办法》规定，严格按月考核，计算出各市县水环境质量生态补偿资金的扣收和奖励额度，省财政厅进行资金结算。省环保厅、财政厅每月5日前向各市县政府通报上月水环境质量生态补偿资金扣收和奖励情况，并向社会公布。

　　二是合理划分目标类型。《办法》明确了4种类型的生态补偿，分别是地表水考核断面水质生态补偿、饮用水水源地水质生态补偿、南水北调中线工程河南段生态补偿和水环境风险防范生态补偿。其中对造成南水北调中线水质超标的，扣收额度是水源地超标的2倍；在水环境风险防范方面实施“一票否决”，对发生河流有毒有害污染物超标、河流跨界水污染和因环境污染造成供水中断等较恶劣环境问题的市县，在实行惩罚性扣收的同时，取消其所有奖励。

　　三是实施阶梯奖惩标准。地表水责任目标考核断面实行阶梯生态补偿，分别是目标值为Ⅰ至Ⅲ类、目标值为Ⅳ至Ⅴ类和目标值为劣Ⅴ类3级阶梯。在每一级阶梯中，优的越多、奖的越多，差的越狠、罚得越重。在考核时，充分考虑上下游关系，上游入境断面水质超标时,扣除上游入境断面对下游出境断面的水质影响。

　　四是补偿资金专款专用。扣收生态补偿资金除用于奖励相关市县外,结余资金纳入全省环境污染防治专项资金;若扣收资金不足以安排奖励资金,缺口部分省级另行统筹安排。奖励资金,由市县专项用于环境治理支出。